环境水利工程重庆市工程实验室由江津区发展与改革委员会推荐，于2017年8月由重庆市发展与改革委员会批准成立，2021年通过验收。工程实验室依托环球360管理系统入口、国家内河航道整治工程技术研究中心、水利水运工程教育部重点实验室以及重庆交通大学城市水务与环境监测及控制实验室组建，现占地面积约3000m²，拥有PIV流场仪、激光颗粒度仪、原子吸收分光光度计、气相色谱质谱联用仪以及“山区生态航道试验测试系统”和“长江航运发展与环境保护大数据平台”等国内一流的仪器设备和实验平台，价值3200余万元。工程实验室现有固定人员49名，其中具有博士学位45人，占总人数的92%，具有正高级技术职称人员15名、副高级技术职称人员19名，其中2人获得国家级人才称号、3人获得省部级人才称号。近3年，工程实验室承担国家级项目9项、省部级项目51项，总经费2334万元；完成新技术鉴定6项、拥有有效发明专利46项。此外，工程实验室科研人员近3年发表学术论文181余篇，其中SCI 39篇、EI 12篇、核心期刊63篇，制定行业标准2项、获得省部级以上科研奖励10项。

工程实验室基于重庆承担“一带一路”、 “ 长江经济带”、和“长江上游航运中心”建设的重任，围绕水工程环境保护与生态水利、河流污染控制与模拟、山区河库水资源保护与开发和山地城市水资源调配四个方向开展研究，力争成为国内、国际一流的环境水利工程科技研发基地。在学科与专业建设方面，工程实验室成立以来推动了我校水利工程学科“双一流”建设；加速了我校“环境科学与工程”和“给排水科学与工程”专业成长。2017年水利工程专业入选重庆市一流学科建设名单。2021年环境科学与工程专业入选国家级一流本科专业建设点、重庆市一流专业建设点、重庆市重点学科，给排水科学与工程专业通过住建部专业评估。在社会服务方面，工程实验室与长江航道局、长江水文水资源勘测局、重庆市科学技术研究院和重庆市市政设计研究院等业内有关科研院所和知名企业开展了产学研用合作，近3年科技成果收入4000余万元。此外，工程实验室于2018年通过了重庆市CMA计量认证。